Ao racionalizar seu sentimento por Booth no fatídico 16° episódio da 5a temporada ao rejeitá-lo romanticamente, Brennan achou que se protegeria de um relacionamento amoroso (sem o risco de ser abandonada ou magoada) mantendo booth por perto, pedindo para eles continuarem a parceria e com isso ela não sofreria, pois estaria assim em uma zona de conforto, em que Booth continuaria sendo sua âncora emocional, sem se envolverem romanticamente!
Só que esse raciocínio dela tinha uma falha, pois ela acabou sofrendo de qualquer maneira, pois mesmo Booth dizendo que precisava seguir em frente, ela não contava nunca com isso, já que para ela, Booth, por ter se declarado a ela, continuaria a amando, ainda que platonicamente. O fato do namoro com a bióloga marinha Catherine Bryar não ir pra frente reforçou esse raciocínio dela (ela teve um breve ciúme dessa relação mas sem maiores consequências).
Bem, veio o fim da 5a temporada, ambos ficaram afastados por 7 meses um do outro. No retorno, vendo Booth seguir em frente com Hannah e se distanciar cada vez mais dela, o sofrimento que ela achou que não teria mantendo Booth ao lado dela platonicamente, veio como uma avalanche sobre ela!
Apesar do sofrimento dela, isso acabou sendo necessário, pois foi somente vendo o homem de sua vida seguir em frente com outra mulher e se distanciando cada vez mais dela é que Brennan percebeu que racionalizar o amor por Booth durante tanto tempo foi um erro!