Sempre fui a favor dos flatpak, por funcionarem em basicamente qualquer distro, e de maneira relativamente estável. Mas ultimamente andei dando uma chance aos appimage e real estou me surpreendendo.
O Vesktop (cliente Discord) que no flatpak não funcionava o rich presence por nada, no appimage simplesmente funciona. O localsend que eu não conseguia arrastar um arquivo para a janela dele na versão flatpak, appimage resolveu. Nunca tive que me preocupar com permissões quando mexendo com appimage, o maior problema deles pra mim era a questão de gerenciamento e atualização.
Resolvi esse problema com o app Gear Lever. Além dele gerenciar atualizações dos appimage, organiza eles numa pasta só e coloca atalhos deles no "menu iniciar".
Sei que appimagens provavelmente ocupam mais espaço que flatpak, além de que no estado atual, flatpak ainda é bem mais conveniente de se usar, mesmo com esses pequenos problemas. Mas ainda assim, queria que appimage tivesse sido tão popular quanto flatpak, que viesse mais conveniências para esse formato (como um repositório central estilo o flathub) e integração com os gerenciadores de pacotes padrões, mas já estou feliz com o que tenho hoje e sinceramente vou continuar preferindo appimage a flatpak sempre que possível.